GenAlEx

Genetic Analysis in Excel – дружественный популярный кроссплатформенный пакет для анализа генетико-популяционных данных в виде надстройки к Microsoft Excel с подробным руководством и с удовлетворительного качества графикой.

GenAlEx предлагает анализ кодоминантных, гаплоидных и бинарных генетических локусов и последовательностей ДНК. Пригодна для анализа дынных в судебной генетике.

Предусмотрен анализ как на основе частот генотипов и аллелей (РХВ - равновесие Харди-Вайнберга, F-статистики, гетерозиготность, принадлежность к популяции, родство), так и на основе расстояний (AMOVA, PCoA, тесты Мантела, многомерная пространственная автокорреляция).

Включает расчет новых оценок структуры популяции: G'ST, G''ST, Jost's Dest и F'ST с помощью AMOVA, анализ информации Шеннона, неравновесности по сцеплению, тесты на гетерогенность и пространственный автокорреляционный анализ.

Обеспечивает надежную конверсию исходных данных в форматы для работы с GENEPOP, Arlequin и более чем с 30 другими программами.

Статьи с описанием программы от разработчиков:

Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research - an update. Bioinformatics, 2012; 28(19): 2537-2539. - Цитируется 20467 раз. Статья свободного доступна.

Peakall R. Smouse P.E. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 2006; 6(1): 288-295. - Цитируется 20467 раз.

Официальный сайт программы GenAlEx